Jylkkärillä on ylioppilaslehden ohjesäännön mukainen kuusihenkinen johtokunta, jonka tehtävänä on tukea lehden henkilökunnan työtä ja tehdä päätöksiä muun muassa määrätä lehden ilmestymispäivät, painosmäärät, ilmaiskappaleet sekä päättää lehden painopaikasta ja ilmoitus- ja tilaushankinnasta. Päätöksistään johtokunta vastaa ylioppilaskunnan edustajistolle.

Uusi johtokunta valitaan vuosittain edustajiston kokouksessa. Jylkkärin johtokuntaan vuoden 2011 alussa kuuluivat Saara Koho, Kyösti Ylikulju, Henna Lahti (tilalle Samppa Erkkilä), Heidi Kirkonpelto, Kalle Jokinen ja Liisa Piipponen (tilalle Jarno Miettinen). Johtokunnan sihteerinä toimii lehden päätoimittaja.

Jylkkärin johtokunnan tavoittaa parhaiten sähköpostitse osoitteesta jylkkari-johtokunta(at)lists.jyu.fi.

Aikaisempia johtokuntia:

2010: Saara Koho (pj), Kyösti Ylikulju (vpj), Henna Lahti, Heidi Kirkonpelto, Ville Holopainen ja Kati Kukkonen.
2009: Jarno Miettinen (pj), Matti Tyynysniemi (vpj), Ville Qvist, Mikko Mäkinen, Michaël Vanamo ja Teresa Pohjolainen.