Jylkkärillä on ylioppilaslehden ohjesäännön mukainen kuusihenkinen johtokunta, jonka tehtävänä on tukea lehden henkilökunnan työtä ja tehdä päätöksiä muun muassa määrätä lehden ilmestymispäivät, painosmäärät, ilmaiskappaleet sekä päättää lehden painopaikasta ja ilmoitus- ja tilaushankinnasta. Päätöksistään johtokunta vastaa ylioppilaskunnan edustajistolle.

Uusi johtokunta valitaan vuosittain edustajiston kokouksessa. Jylkkärin johtokuntaan vuonna 2010 kuuluvat puheenjohtaja Saara Koho, varapuheenjohtaja Kyösti Ylikulju, ylioppilaskunnan hallituksen jäsen Henna Lahti sekä jäsenet Heidi Kirkonpelto, Ville Holopainen ja Kati Kukkonen. Johtokunnan sihteerinä toimii lehden päätoimittaja.

Jylkkärin johtokunnan tavoittaa parhaiten sähköpostitse osoitteesta jylkkari-johtokunta(at)lists.jyu.fi.